An der FAU gibt es zahlreiche Gremien, Kommissionen und Ausschüsse zu verschiedensten Themen. Diese befassen sich universitätsweit mit den ihnen zugewiesenen Aufgaben. Studierende sind in folgenden zentralen Gremien, Kommissionen und Ausschüssen vertreten:
- Zentrales Gremium zur Verwendung der Studienbeiträge
- Kommission für Lehre und Studium
- Zentrum für Lehrerinnen- und Lehrerbildung
- Vertreterversammlung des Studentenwerks
- Bibliothekskommission
- Kommission für Internationalisierung
- Kommission für Forschung und wissenschaftlichen Nachwuchs
- Wahlausschuss
- Kommission für Rechenanlagen
- Produktausschuss
- Kommission Chancengleichheit
- HisInOne-Lenkungsausschuss